El emblemático Conjunto Arquitectónico San Juan de Dios atesora una trascendental historia, declarado Monumento Municipal el 7 de mayo de 1941, Monumento Provincial el 1ro de agosto de 1964 y Monumento Nacional el 10 de octubre de 1978.

En este conjunto ocurrieron hechos relevantes que le confieren valores históricos, desde sus inicios fue el sitio donde se estableció de forma especial la orden religiosa hospitalaria San Juan de Dios y donde desplegó su obra humanitaria el hoy beato José Olallo Valdés, acontecimientos históricos y políticos de especial significado ocurrieron el 11 de mayo de 1873 al arribar el cadáver del insigne patriota camagüeyano Ignacio Agramonte y Loynaz traído por las tropas españolas, para su reconocimiento e identificación y el 11 de mayo de 1973 al celebrarse el acto en conmemoración por el centenario de la caída en combate de Agramonte, el cual fue presidido por el Comandante en Jefe Fidel Castro Ruz quien pronunció un discurso por la efeméride.

El valor arquitectónico está dado en que constituye un claro exponente de las iglesias conventuales y que a pesar de las modificaciones que ha tenido mantiene de forma general la arquitectura tradicional de la época colonial, haciéndose evidente la presencia de los elementos arquitectónicos compositivos característicos de la arquitectura mudéjar del siglo XVIII con marcado acento local, donde se observan los códigos arquitectónicos de las viviendas coloniales.
El valor ambiental se establece por poseer características de homogeneidad arquitectónica, donde convergen a su vez hechos históricos y políticos de gran importancia para la ciudad, por lo que se ha convertido en el más importante exponente de la arquitectura del siglo XVIII en Camagüey. 
Su valor excepcional radica en que el espacio y el conjunto de sus construcciones constituyen un singular ejemplo de carácter urbano, donde se agrupan características morfológicas y de estilo de acentuada uniformidad que conceden al lugar condiciones únicas en la región y en el país.
Esta declaración se convirtió en un compromiso y en una necesidad de legar a las futuras  generaciones la herencia patrimonial recibida del pasado, es por ello que el inmueble que ocupó el antiguo hospital  se convirtió en Museo San Juan de Dios el 28 de enero del 2002, espacio para disfrutar el legado histórico y cultural donde se promueve su historia, la de su entorno, así como sus valores. 
En cada visita dirigida y actividad del museo se sensibiliza a los visitantes en la importancia de contribuir a la conservación y salvaguarda de este conjunto arquitectónico portador del mensaje espiritual de las generaciones precedentes, testimonio vivo de la identidad de la ciudad digno de perpetuar a la posteridad  por su carácter excepcional.